Hi Kangh,<br><br>Maybe the command is not known because you have not defined the ranges for materials before it ?<br>Try to put it after the line <font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/interfileReader/rangeTranslator/readTable range_CT.dat</font><br>
<br>Simon<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 2, 2008 at 5:31 PM,  &lt;<a href="mailto:kangh@mskcc.org">kangh@mskcc.org</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">







<div>


<p><font face="Arial">Hello,</font>
</p>

<p><font face="Arial">I am trying to simulate a voxelized phantom using with compressed voxel (variable-size voxels).&nbsp; Here is the macro file I am try to run</font></p>

<p><font face="Arial" size="2"># V O X E L I Z E D&nbsp; M A T R I X&nbsp;&nbsp; H O F F M A N&nbsp;&nbsp; B R A I N&nbsp;&nbsp; P H A N T O M</font>
</p>
<br>

<p><font face="Arial" size="2">/gate/world/daughters/name hof_brain</font>

<br><font face="Arial" size="2">#/gate/world/daughters/insert parameterizedBoxMatrix</font>

<br><font color="#0000ff" face="Arial" size="2">/gate/world/daughters/insert compressedMatrix</font>

<br><font color="#0000ff" face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/compression/excludeList Lung Adipose Water Muscle Heart Liver SpineBone Bone</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/geometry/insertReader interfile</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/interfileReader/insertTranslator range</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/interfileReader/rangeTranslator/readTable range_CT.dat</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/interfileReader/rangeTranslator/describe 1</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/interfileReader/readFile&nbsp; m000-newptCTscan.h33</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/placement/setTranslation&nbsp; 0. 0. 0. mm</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/placement/setRotationAxis 1 0 0</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/placement/setRotationAngle 0 deg</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/attachVoxelPhantomSD</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/addOutput doseOutput</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/output/doseOutput/saveUncertainty true</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/output/doseOutput/setFileName hof_brain_paraDose.bin</font>

<br><font face="Arial" size="2">&nbsp;</font>

<br><font face="Arial">The blue command lines are added as in the user guide manual on p. 89.</font>
</p>

<p><font face="Arial">When I ran the macro file I have gotten the following error message.</font>
</p>

<p><font face="Arial" size="2">/control/execute VoxelizedPhantom.mac</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/world/daughters/name hof_brain</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/world/daughters/insert compressedMatrix</font>

<br><font face="Arial" size="2">I/O warning : failed to load external entity &quot;Materials.xml&quot;</font>

<br><font face="Arial" size="2">&nbsp;&nbsp; GateMaterialDatabase: did not find the Materials.xml file: no properties read for material &#39;Vacuum&#39;</font>

<br><font face="Arial" size="2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is only a problem when OPTICAL PHOTONS are transported in this material.&#39;</font>

<br><font face="Arial" size="2">/gate/hof_brain/compression/excludeList Lung Adipose Water Muscle Heart Liver SpineBone Bone</font>

<br><font face="Arial" size="2">***** COMMAND NOT FOUND &lt;/gate/hof_brain/compression/excludeList Lung Adipose Water Muscle Heart Liver SpineBone Bone&gt; *****</font></p>

<p><font face="Arial" size="2">***** Batch is interupted!! *****</font>
</p>
<br>
<br>

<p><font face="Arial">It seems that GATE does not understand the command </font><font color="#0000ff" face="Arial">/gate/hof_brain/compression/excludeList Lung Adipose Water Muscle Heart Liver SpineBone Bone.</font></p>

<p><font face="Arial">I tried to look for any example to use compressedMatrix in the user talk archive but I could not find one.&nbsp; </font>
</p>

<p><font face="Arial">Could anyone tell me what I did wrong?</font>
</p>

<p><font face="Arial">Thanks,</font>
</p>

<p><font face="Arial">Hyejoo</font>
</p>
<br>


<p></p><pre> 
     =====================================================================
     
     Please note that this e-mail and any files transmitted with it may be 
     privileged, confidential, and protected from disclosure under 
     applicable law. If the reader of this message is not the intended 
     recipient, or an employee or agent responsible for delivering this 
     message to the intended recipient, you are hereby notified that any 
     reading, dissemination, distribution, copying, or other use of this 
     communication or any of its attachments is strictly prohibited.  If 
     you have received this communication in error, please notify the 
     sender immediately by replying to this message and deleting this 
     message, any attachments, and all copies and backups from your 
     computer.
</pre></div>
<br>_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.healthgrid.org">Gate-users@lists.healthgrid.org</a><br>
<a href="http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users" target="_blank">http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
<br></blockquote></div><br>