<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7652.24">
<TITLE>compressedMatrix phantom</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/rtf format -->

<P><FONT FACE="Arial">Hi,</FONT>
</P>

<P><FONT FACE="Arial">I am trying to simulate a voxelized phantom using with compressed voxel (variable-size voxels).&nbsp; Here is the macro file I am try to run</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial"># V O X E L I Z E D&nbsp; M A T R I X&nbsp;&nbsp; H O F F M A N&nbsp;&nbsp; B R A I N&nbsp;&nbsp; P H A N T O M</FONT>
</P>
<BR>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/world/daughters/name hof_brain</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">#/gate/world/daughters/insert parameterizedBoxMatrix</FONT>

<BR><FONT COLOR="#0000FF" SIZE=2 FACE="Arial">/gate/world/daughters/insert compressedMatrix</FONT>

<BR><FONT COLOR="#0000FF" SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/compression/excludeList Lung Adipose Water Muscle Heart Liver SpineBone Bone</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/geometry/insertReader interfile</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/interfileReader/insertTranslator range</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/interfileReader/rangeTranslator/readTable range_CT.dat</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/interfileReader/rangeTranslator/describe 1</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/interfileReader/readFile&nbsp; m000-newptCTscan.h33</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/placement/setTranslation&nbsp; 0. 0. 0. mm</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/placement/setRotationAxis 1 0 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/placement/setRotationAngle 0 deg</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/attachVoxelPhantomSD</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/addOutput doseOutput</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/output/doseOutput/saveUncertainty true</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/output/doseOutput/setFileName hof_brain_paraDose.bin</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;</FONT>

<BR><FONT FACE="Arial">The blue command lines are added as in the user guide manual on p. 89.</FONT>
</P>

<P><FONT FACE="Arial">When I ran the macro file I have gotten the following error message.</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/control/execute VoxelizedPhantom.mac</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/world/daughters/name hof_brain</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/world/daughters/insert compressedMatrix</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I/O warning : failed to load external entity &quot;Materials.xml&quot;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; GateMaterialDatabase: did not find the Materials.xml file: no properties read for material 'Vacuum'</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is only a problem when OPTICAL PHOTONS are transported in this material.'</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">/gate/hof_brain/compression/excludeList Lung Adipose Water Muscle Heart Liver SpineBone Bone</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">***** COMMAND NOT FOUND &lt;/gate/hof_brain/compression/excludeList Lung Adipose Water Muscle Heart Liver SpineBone Bone&gt; *****</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">***** Batch is interupted!! *****</FONT>
</P>
<BR>
<BR>

<P><FONT FACE="Arial">It seems that GATE does not understand the command </FONT><FONT COLOR="#0000FF" FACE="Arial">/gate/hof_brain/compression/excludeList Lung Adipose Water Muscle Heart Liver SpineBone Bone.</FONT></P>

<P><FONT FACE="Arial">I tried to look for any example to use compressedMatrix in the user talk archive but I could not find one.&nbsp; </FONT>
</P>

<P><FONT FACE="Arial">Could anyone tell me what I did wrong?</FONT>
</P>

<P><FONT FACE="Arial">Thanks,</FONT>
</P>

<P><FONT FACE="Arial">Hyejoo</FONT>
</P>


<P><pre wrap> 
     =====================================================================
     
     Please note that this e-mail and any files transmitted with it may be 
     privileged, confidential, and protected from disclosure under 
     applicable law. If the reader of this message is not the intended 
     recipient, or an employee or agent responsible for delivering this 
     message to the intended recipient, you are hereby notified that any 
     reading, dissemination, distribution, copying, or other use of this 
     communication or any of its attachments is strictly prohibited.  If 
     you have received this communication in error, please notify the 
     sender immediately by replying to this message and deleting this 
     message, any attachments, and all copies and backups from your 
     computer.
</pre></P></BODY>
</HTML>