<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>

<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<!--[if !mso]>
<style>
v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style>
<![endif]-->
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:"Comic Sans MS";
        panose-1:3 15 7 2 3 3 2 2 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text Char";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Comic Sans MS";}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.PlainTextChar
        {mso-style-name:"Plain Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text";
        font-family:"Comic Sans MS";}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.EmailStyle21
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Comic Sans MS";
        color:windowtext;
        font-weight:normal;
        font-style:normal;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="3074" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=PT link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Comic Sans MS"'>Hi
Sonal!!<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Comic Sans MS"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Comic Sans MS"'>Yesterday,
I forgot to say one thing: probably you don&#8217;t see the phantom because you
&quot;disable&quot; the colour attributes in the file where you specify the materials
(range.dat file)&#8230;<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Comic Sans MS"'>Enable
the colour attributes&#8230; See the User&#8217;s Guide: page 86.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Comic Sans MS"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Comic Sans MS"'>Cheers,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Comic Sans MS"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='color:#262626'>Susana Branco Silva<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Comic Sans MS";
color:#E36C0A'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";
color:navy'><img width=239 height=35 id="_x0000_i1027"
src="cid:image001.gif@01C8BA9A.06938440" alt=untitled><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;color:#595959'>Faculdade de
Ciências&nbsp;da Universidade de Lisboa<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;color:#595959'>Campo Grande,
1749-016 Lisboa, Portugal<br>
</span><span lang=EN-GB style='font-size:8.0pt;color:#595959'>Phone: (+351) 21
750 01 77 ext.: 205</span><span style='font-size:8.0pt;color:#595959'>15<br>
Fax:&nbsp; (+351) 21 750 00 30<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><a
href="mailto:susana.silva@fc.ul.pt"><span lang=FR style='color:#595959;
text-decoration:none'>email: </span><span lang=FR>susana.silva@fc.ul.pt</span></a></span><span
lang=FR style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#595959'>url: </span><u><span
lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><a href="www.ibeb.fc.ul.pt">www.ibeb.fc.ul.pt</a></span></u><span
lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#1D1B11'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Comic Sans MS"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>

<p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:
"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;
font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Susana Branco Silva
[mailto:susana.silva@fc.ul.pt] <br>
<b>Sent:</b> segunda-feira, 19 de Maio de 2008 21:27<br>
<b>To:</b> 'Sonal Ambwani'; 'gate-users@lists.healthgrid.org'<br>
<b>Subject:</b> RE: [Gate-users] Voxellized phantom problem?<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Hi Sonal!<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>The answer is yes!!<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>You can see an example in attachment
(the MOBY phantom inside the FOCUS system).<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><img border=0 width=232 height=240 id="_x0000_i1025"
src="cid:image002.jpg@01C8BA9A.06938440"><span lang=EN-GB><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>&nbsp;Cheers,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='color:#262626'>Susana Branco Silva<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Comic Sans MS";
color:#E36C0A'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";
color:navy'><img border=0 width=239 height=35 id="Picture_x0020_1"
src="cid:image001.gif@01C8BA9A.06938440" alt=untitled><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;color:#595959'>Faculdade de
Ciências&nbsp;da Universidade de Lisboa<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;color:#595959'>Campo Grande,
1749-016 Lisboa, Portugal<br>
Phone: (+351) 21 750 01 77 ext.: 20515<br>
Fax:&nbsp; (+351) 21 750 00 30<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><a
href="mailto:susana.silva@fc.ul.pt"><span lang=FR style='color:#595959;
text-decoration:none'>email: </span><span lang=FR>susana.silva@fc.ul.pt</span></a></span><span
lang=FR style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#595959'>url: </span><u><span
lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><a href="www.ibeb.fc.ul.pt">www.ibeb.fc.ul.pt</a></span></u><span
lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#1D1B11'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>-----Original Message-----<br>
From: gate-users-bounces@lists.healthgrid.org
[mailto:gate-users-bounces@lists.healthgrid.org] On Behalf Of Sonal Ambwani<br>
Sent: segunda-feira, 19 de Maio de 2008 21:05<br>
To: gate-users@lists.healthgrid.org<br>
Subject: RE: [Gate-users] Voxellized phantom problem?</span><span lang=EN-GB><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText>Hello Wei and Susana,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>I have a question about voxelized phantoms. With
visualization turned <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>on, do you see the voxellized hoffman phantom during the
simulation <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>like one sees the cylindrical phantom? I dont, and I was
just wondering.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Thanks,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Sonal<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Quoting Susana Branco Silva
&lt;susana.silva@fc.ul.pt&gt;:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Hello wei!<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; I?m using the MOBY phantom too!<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; You have to be care with one thing: GATE can?t read
float data (32 <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; bit)! So you'll need to convert your phantom file to
unsigned <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; interger (16 bit) format (with IDL or MATLAB for
instance).<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Just do the data conversion and follow the hoffman
brain example <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; inside the GATE distribution!!<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Careful: check you image conversion before launch
your simulation? If <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; all scripts are well defined and you got the message
above, probably <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; is because the conversion wasn't done correctly:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; GateSourceVoxelImageReader::ReadFile : fileName:
moby.h33<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Header read
from&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'moby.h33'<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Data file
name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
'moby.i33'<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Nb of
planes:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
122<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Nb of pixels per plane:&nbsp;&nbsp; 40 40<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Pixel
size:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
5.000e-01 5.000e-01<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Slice
thickness:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
5.000e-01<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Matrix
size:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2.000e+01 2.000e+01<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Data
type:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
UNSIGNED INTEGER<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Ignoring confine condition<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Source ---------------&gt; voxel_mouse<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp;
ID&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
: 0<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp;
type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
: backtoback<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp; startTime
(s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 0.000e+00<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp; time
(s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
: 0.000e+00<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp;
forcedUnstable&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 1<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp; forcedLifetime (s)&nbsp; : 9.502e+03<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp;
verboseLevel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 0<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; -----------------------<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Voxel reader ----------&gt;&nbsp;&nbsp; number of
voxels&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 0<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; total activity (Bq)&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 0.000e+00<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Hope this help you.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Cheers,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Susana Branco Silva<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; untitled<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Campo Grande, 1749-016 Lisboa, Portugal<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Phone: (+351) 21 750 01 77 ext.: 20515<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Fax:&nbsp; (+351) 21 750 00 30<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; &lt;mailto:susana.silva@fc.ul.pt&gt; email:
susana.silva@fc.ul.pt<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; url: www.ibeb.fc.ul.pt<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; -----Original Message-----<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; From: gate-users-bounces@lists.healthgrid.org <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; [mailto:gate-users-bounces@lists.healthgrid.org] On
Behalf Of wqy<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Sent: segunda-feira, 19 de Maio de 2008 16:33<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; To: gate-users@lists.healthgrid.org<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Subject: [Gate-users] Voxellized phantom problem?<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Hello Gate User,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
I have used Gate to simulate&nbsp; the Moby Phantom and encountered<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; an error.The following is the error which Gate
output:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; &quot;...<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; ...<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; 'nrecognised type name 'short float<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; 'nrecognised type name 'short float<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Header read
from&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'm007-heart_act_1.h33'<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; 'Data file
name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'm007-heart_act_1.i33<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Nb of
planes:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Nb of pixels per plane: 256 256<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Pixel
size:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1
1<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Slice
thickness:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Matrix
size:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 256 256<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; Data type:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Error: one of the matrix dimensions is zero!<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; ERROR - G4Box()::G4Box(): hof_brain_S<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Dimensions too small ! - 0, 0, 0<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; *** G4Exception : InvalidSetup<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; issued by :
G4Box::G4Box()<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Invalid dimensions. Too small.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; *** Fatal Exception *** core dump ***<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp; &quot;<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; By the way:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.the
interfile is correct, it can be read by xmedcon<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; exactly.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2. the Gate is installed correctly, it can be<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; simulated the example Voxellized phantom
(hof3.h33,hof3.i33)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; I have no idea how to dealwith&nbsp; the problem.
Could someone help me?<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Best regards and thanks!<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; wei<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Dept. of Engineering Physics<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Tsinghua University<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; _______________________________________________<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Gate-users mailing list<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt; Gate-users@lists.healthgrid.org<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;
http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>&gt;<o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Sonal Ambwani<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Dept. of Electrical and Computer Engineering<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Boston University<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoPlainText>_______________________________________________<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Gate-users mailing list<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Gate-users@lists.healthgrid.org<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users<o:p></o:p></p>

</div>

</body>

</html>