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<div class=Section1>
<p class=MsoPlainText>Hi Sonal!<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>The answer is yes!!<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>You can see an example in attachment
(the MOBY phantom inside the FOCUS system).<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoPlainText><img width=232 height=240 id="_x0000_i1026"
src="cid:image002.jpg@01C8B9F7.0B9601A0"><span lang=EN-GB><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB> Cheers,<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='color:#262626'>Susana Branco Silva<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Comic Sans MS";
color:#E36C0A'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";
color:navy'><img width=239 height=35 id="Picture_x0020_1"
src="cid:image001.gif@01C8B9F5.2ABE74B0" alt=untitled><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;color:#595959'>Faculdade de
Ciências da Universidade de Lisboa<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;color:#595959'>Campo Grande,
1749-016 Lisboa, Portugal<br>
Phone: (+351) 21 750 01 77 ext.: 20515<br>
Fax: (+351) 21 750 00 30<o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><a
href="mailto:susana.silva@fc.ul.pt"><span lang=FR style='color:#595959;
text-decoration:none'>email: </span><span lang=FR style='color:blue'>susana.silva@fc.ul.pt</span></a></span><span
lang=FR style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#595959'>url: </span><u><span
lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><a href="www.ibeb.fc.ul.pt"><span
style='color:blue'>www.ibeb.fc.ul.pt</span></a></span></u><span lang=EN-US
style='font-size:8.0pt;color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:8.0pt;color:#1D1B11'><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>-----Original Message-----<br>
From: gate-users-bounces@lists.healthgrid.org
[mailto:gate-users-bounces@lists.healthgrid.org] On Behalf Of Sonal Ambwani<br>
Sent: segunda-feira, 19 de Maio de 2008 21:05<br>
To: gate-users@lists.healthgrid.org<br>
Subject: RE: [Gate-users] Voxellized phantom problem?</span><span lang=EN-GB><o:p></o:p></span></p>
<p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p>
<p class=MsoPlainText>Hello Wei and Susana,<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>I have a question about voxelized phantoms. With
visualization turned <o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>on, do you see the voxellized hoffman phantom during the
simulation <o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>like one sees the cylindrical phantom? I dont, and I was
just wondering.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>Thanks,<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>Sonal<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>Quoting Susana Branco Silva
<susana.silva@fc.ul.pt>:<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Hello wei!<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> I?m using the MOBY phantom too!<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> You have to be care with one thing: GATE can?t read
float data (32 <o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> bit)! So you'll need to convert your phantom file to
unsigned <o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> interger (16 bit) format (with IDL or MATLAB for
instance).<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Just do the data conversion and follow the hoffman
brain example <o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> inside the GATE distribution!!<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Careful: check you image conversion before launch
your simulation? If <o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> all scripts are well defined and you got the message
above, probably <o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> is because the conversion wasn't done correctly:<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> GateSourceVoxelImageReader::ReadFile : fileName:
moby.h33<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Header read from 'moby.h33'<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Data file name 'moby.i33'<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Nb of planes: 122<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Nb of pixels per plane: 40 40<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Pixel size: 5.000e-01
5.000e-01<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Slice thickness: 5.000e-01<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Matrix size: 2.000e+01 2.000e+01<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Data type: UNSIGNED INTEGER<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Ignoring confine condition<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Source ---------------> voxel_mouse<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> ID : 0<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> type : backtoback<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> startTime (s) : 0.000e+00<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> time (s) : 0.000e+00<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> forcedUnstable : 1<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> forcedLifetime (s) : 9.502e+03<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> verboseLevel : 0<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> -----------------------<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Voxel reader ----------> number of voxels
: 0<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> total activity (Bq) : 0.000e+00<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Hope this help you.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Cheers,<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Susana Branco Silva<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> untitled<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Campo Grande, 1749-016 Lisboa, Portugal<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Phone: (+351) 21 750 01 77 ext.: 20515<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Fax: (+351) 21 750 00 30<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> <mailto:susana.silva@fc.ul.pt> email:
susana.silva@fc.ul.pt<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> url: www.ibeb.fc.ul.pt<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> -----Original Message-----<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> From: gate-users-bounces@lists.healthgrid.org <o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> [mailto:gate-users-bounces@lists.healthgrid.org] On
Behalf Of wqy<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Sent: segunda-feira, 19 de Maio de 2008 16:33<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> To: gate-users@lists.healthgrid.org<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Subject: [Gate-users] Voxellized phantom problem?<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Hello Gate User,<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> I have used Gate to simulate the Moby
Phantom and encountered<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> an error.The following is the error which Gate
output:<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> "...<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> ...<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> 'nrecognised type name 'short float<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> 'nrecognised type name 'short float<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Header read from 'm007-heart_act_1.h33'<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> 'Data file name 'm007-heart_act_1.i33<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Nb of planes: 0<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Nb of pixels per plane: 256 256<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Pixel size: 1 1<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Slice thickness: 0<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Matrix size: 256 256<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Data type:<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Error: one of the matrix dimensions is zero!<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> ERROR - G4Box()::G4Box(): hof_brain_S<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Dimensions too small ! - 0, 0, 0<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> *** G4Exception : InvalidSetup<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> issued by : G4Box::G4Box()<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Invalid dimensions. Too small.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> *** Fatal Exception *** core dump ***<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> "<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> By the way: 1.the interfile is correct, it can
be read by xmedcon<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> exactly.<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> 2. the Gate is installed
correctly, it can be<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> simulated the example Voxellized phantom
(hof3.h33,hof3.i33)<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> I have no idea how to dealwith the problem. Could
someone help me?<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Best regards and thanks!<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> wei<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Dept. of Engineering Physics<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Tsinghua University<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> _______________________________________________<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Gate-users mailing list<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>> Gate-users@lists.healthgrid.org<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>>
http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>Sonal Ambwani<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>Dept. of Electrical and Computer Engineering<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>Boston University<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>
<p class=MsoPlainText>_______________________________________________<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>Gate-users mailing list<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>Gate-users@lists.healthgrid.org<o:p></o:p></p>
<p class=MsoPlainText>http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users<o:p></o:p></p>
</div>
</body>
</html>