<br><font size=2 face="sans-serif">Hi,</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">I think this is quite common for the GATE simulation. I always have these kind of problem and no</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">easy way to solve it.</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">yuxuan</font>
<br>
<br>
<br>
<br>
<table width=100%>
<tr valign=top>
<td>
<td><font size=1 face="sans-serif"><b>&quot;Jon Engle&quot; &lt;engle.jonathan@gmail.com&gt;</b></font>
<br><font size=1 face="sans-serif">Sent by: gate-users-bounces@lists.healthgrid.org</font>
<p><font size=1 face="sans-serif">03/01/2007 09:01 PM</font>
<br>
<td><font size=1 face="Arial">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; </font>
<br><font size=1 face="sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; To: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gate-users@lists.healthgrid.org</font>
<br><font size=1 face="sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; cc: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</font>
<br><font size=1 face="sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Subject: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;[Gate-users] core dump</font></table>
<br>
<br>
<br><font size=3>All,<br>
<br>
For my work, I would like to be able to simulate positrons emitted from a point source in air. To do so, I am enclosing the source in a 1 mm radius sphere of water for attenuation and annihilation. I recognize that doing so likely means some positrons will escape the world volume without annihilating. <br>
<br>
However, sometimes (not all the time), my simulations of point sources at different locations return a segmentation violation and a core dump. Often, I am able to rerun the same simulation with a different seed without problems. The error message is below, slightly abbreviated to reduce the size of my log files (if it might help to have a more detailed output, I am happy to change my settings and provide this): <br>
<br>
.<br>
.<br>
.<br>
.<br>
[GateTrajectoryNavigator:</font>
<br><font size=3>:FindAnnihilationGammasTrackID] &nbsp;WARNING : positron found and photonID vector size: 1<br>
[GateTrajectoryNavigator::FindAnnihilationGammasTrackID] &nbsp;WARNING : positron found and photonID vector size: 1 <br>
[GateTrajectoryNavigator::FindAnnihilationGammasTrackID] &nbsp;WARNING : positron found and photonID vector size: 1<br>
[GateTrajectoryNavigator::FindAnnihilationGammasTrackID] &nbsp;WARNING : positron found and photonID vector size: 1 <br>
[GateTrajectoryNavigator::FindAnnihilationGammasTrackID] &nbsp;WARNING : positron found and photonID vector size: 1<br>
[GateTrajectoryNavigator::FindAnnihilationGammasTrackID] &nbsp;WARNING : positron found and photonID vector size: 1 <br>
[GateTrajectoryNavigator::FindAnnihilationGammasTrackID] &nbsp;WARNING : positron found and photonID vector size: 1<br>
[GateTrajectoryNavigator::FindAnnihilationGammasTrackID] &nbsp;WARNING : positron found and photonID vector size: 4 <br>
<br>
 *** Break *** segmentation violation<br>
 Generating stack trace...<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file <br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file <br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file <br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file<br>
/usr/bin/addr2line: 'gate': No such file <br>
 0x0000000000570630 in GateDigitizer::Digitize() + 0x1f0 from gate<br>
 0x000000000057fa6e in GateOutputMgr::RecordEndOfEvent(G4Event const*) + 0x8e from gate<br>
 0x0000000000575f7f in GateEventAction::EndOfEventAction(G4Event const*) + 0x8f from gate <br>
 0x0000000000a4c30a in G4EventManager::DoProcessing(G4Event*) + 0x6da from gate<br>
 0x000000000099e7e1 in G4RunManager::DoEventLoop(int, char const*, int) + 0xd1 from gate<br>
 0x000000000099d0c1 in G4RunManager::BeamOn(int, char const*, int) + 0x91 from gate <br>
 0x0000000000567edb in GateApplicationMgr::StartDAQ() + 0x11b from gate</font>
<br><font size=3>&nbsp;0x00000000005b884b in GateApplicationMgrMessenger::SetNewValue(G4UIcommand*, G4String) + 0x12b from gate<br>
 0x0000000000bd3f18 in G4UIcommand::DoIt(G4String) + 0x388 from gate <br>
 0x0000000000bdd772 in G4UImanager::ApplyCommand(char const*) + 0x482 from gate<br>
 0x0000000000be560d in G4UIbatch::SessionStart() + 0x3fd from gate<br>
 0x0000000000bda705 in G4UImanager::ExecuteMacroFile(char const*) + 0x45 from gate <br>
 0x00000000005a5cb0 in GateUIcontrolMessenger::LaunchMacroFile(G4String) + 0xb0 from gate<br>
 0x00000000005a5e27 in GateUIcontrolMessenger::SetNewValue(G4UIcommand*, G4String) + 0xd7 from gate<br>
 0x0000000000bd3f18 in G4UIcommand::DoIt(G4String) + 0x388 from gate <br>
 0x0000000000bdd772 in G4UImanager::ApplyCommand(char const*) + 0x482 from gate<br>
 0x0000000000566671 in main + 0x751 from gate<br>
 0x000000381d01c784 in __libc_start_main + 0xf4 from /lib64/libc.so.6<br>
 0x00000000005653aa in TApplicationImp::ShowMembers(TMemberInspector&amp;, char*) + 0x9a from gate <br>
dogaterun.positrons: line 3: 29484 Aborted &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; (core dumped) gate main.ps.positrons.x0y0.mac<br>
<br>
thanks again,</font>
<br><font size=3><br>
<br>
-- <br>
*************************************************************************** <br>
Jonathan Engle, Lab Tech<br>
Utah Center for Advanced Imaging Research<br>
729 Arapeen Drive, Salt Lake City, UT 84108-1218<br>
(801) 581.8288, </font><a href=http://englephysics.com/><font size=3 color=blue><u>englephysics.com</u></font></a><font size=3><br>
*************************************************************************** </font><font size=2><tt>_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
Gate-users@lists.healthgrid.org<br>
http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users<br>
</tt></font>
<br>
<br>