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  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
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<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Yuxuan,<br>
<br>
your question has to do mainly with STIR so you could have sent it to
the STIR-users mailing list as well.<br>
<br>
The difference between positive and negative ring difference has to do
with their position on the Michelogram file. You are right about the
relationship of the Michelogram position of the sinograms with the same
absolute ring difference bu the one being positive and the other being
negative. <br>
In the Michelogram format the sinograms with positive ring-difference
occupy the bottom-right corner of the Michelogram 3D-array and the
sinograms with negative ring difference occupy the upper-left corner.<br>
<br>
However the oblique lines of response (LORs) for a sinogram with ring
difference 1 are completely different from the oblique LORs of a
sinogram with ring-difference -1. <br>
They intersect each other at the level y=0 and more specifically at the
line y=0, z= (z1 + z2)/2 , where z1 and z2 are the z-coordinates of the
two rings that contains the two crystals whose interactions contributed
to a particular coincidence event. As a result if an annihilation takes
place at a point which is not contained in that particular line then we
need to know which is the ring difference of the particular LOR in
order to correctly estimate the proper position. In other words by
switching the sinograms of positive ring-difference with the respective
ones with negative ring difference you will probably not give the
correct information to your reconstruction algorithm.<br>
<br>
What was the activity distribution of your projection data when you
switch the position of the sinograms in the Michelograms? If it was a
point source or a line source along the z-axis of the system (y=0, x=0)
you will not see much of a difference. If you use a more complex
activity distribution you will notice the difference.<br>
<br>
So you need to find which is the parameter that tells us if the ring
difference of a LOR is positive or negative in order to be able to add
that LOR to the correct sinogram in the correct position of the
Michelogram array.<br>
<br>
I, together with other gate-developers, have implemented a sinogram
binning algorithm for GATE and STIR.<br>
We consider the positions of the crystal interactions (we have 2
crystal interactions that contribute to a coincidence event) within
each ring with respect to the projection view as the parameter that
defines if a ring difference is positive or negative.<br>
To be more specific, if an interaction takes place at a crystal which
is located at the lower half of the projection plane (with respect to
the projection view) then we consider that the ring where that crustal
belongs to is ringA<br>
Else we consider that ring as: ringB<br>
Now the ring difference is defined by the equation: Ring_difference =
ringB - ringA<br>
<br>
As a result if one crystal belongs to the lower half-plane and is
located at ring number 12 and the other crystal belongs to the upper
half plane and is located at ring number 15 then the ring difference of
the LOR created by these two singles is : Ring_difference = 15 - 12 = 3<br>
<br>
Both crystals cannot be in the same half-plane (low or up) at the same
projection plane. They will always be one at the lower and the other at
the upper half plane.<br>
We determine lower half plane by looking the projection plne from the
transaxial view, so whichever crystal is below the y=0 level is
considered to belong to the lower half-plane<br>
<br>
We have to note here that the criteria we use to determine the position
of the crystal within each projection plane takes into account the
projection view each time<br>
<br>
The 3D reconstruction algorithms require information about sinograms
with positive and negative ring difference. So we need to place those
sinograms within the Michelogram to the correct position where these
algorithms expect to find them.<br>
<br>
Hope that helps<br>
<br>
Best regards<br>
Nicolas<br>
<br>
__________________________________________________________________<br>
Nicolas Karakatsanis, MEng<br>
Nuclear Imaging Medical Group<br>
Biomedical Simulations and Imaging Sciences Laboratory<br>
National Technical University of Athens, Greece<br>
&nbsp;<br>
<br>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:yuxuan.zhang@di.mdacc.tmc.edu">yuxuan.zhang@di.mdacc.tmc.edu</a> wrote:
<blockquote
 cite="midOF3BEA7F70.FF2AFB5D-ON86257282.0058D6A8-86257282.005CC376@mdacc.tmc.edu"
 type="cite"><br>
  <font face="sans-serif" size="2">Hi, Dear Kris and STIR users,</font>
  <br>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">I have a question about the format
of 3d sinogram. When I was trying to bin my raw data into</font>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">a 3d sinogram, I don't know what's
the exactly definition of positive and negative ring difference.</font>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">For example, if there's a crystal
pair between crystal_i and crystal_j with the axial position of z_i and
z_j.</font>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">From the raw data, I could get two
combinations of the same coincidence pair as (C_i, C_j) or (C_j, C_i).</font>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">Obviously these two type of
combinations should goes to the same oblique sinogram. But how to
calculate</font>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">the ring difference in this case?
Ring difference could be either (z_i-z_j) or (z_j-z_i). Which one is
correct?</font>
  <br>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">If I choose one of them, for
example, z_i-z_j, and with the value of z_i=1, z_j=2, then the
ring_difference = -1,</font>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">if I choose the other, the
ring_difference = +1. </font>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">I think the difference of these two
definitions are the same as switch the cells in the Michelogram between
up-left corner </font>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">and bottom-right corner. I have
tried to bin the sinogram in both way and do the reconstruction by OSEM
program, </font>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">and the results looks almost the
same. Does that mean the absolute direction of the ring difference is
not important? </font>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">or there's something else I
misunderstood?</font>
  <br>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">Thanks.</font>
  <br>
  <br>
  <font face="sans-serif" size="2">Yuxuan</font>
  <br>
  <br>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
Gate-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Gate-users@lists.healthgrid.org">Gate-users@lists.healthgrid.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users">http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users</a>
  </pre>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>