<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:st1="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"> <head> <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii"> <meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)"> <o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="City"/> <o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="place"/>  <style>  </style>  </head> <body lang=EN-US link=blue vlink=purple> <div class=Section1> Hello All,<o:p></o:p> <o:p> </o:p> I have been trying to simulate the imaging of a brachytherapy seed using a CZT linear array detector.  I am sweeping the linear array to create a 2D image of the seed.  However in the process I have run into a very interesting phenomenon.  I don’t know whether it is a bug or if it is a problem with my install.<o:p></o:p> <o:p> </o:p> The seed is positioned vertically at (0,0,0) cm  and the detector moves from -4 mm to + 4 mm as we move from -4 mm to 0 we slowly see the seed is resolved in the projection images.  However as we go from 0 to +4 mm the seed continues to be resolved.  This is a problem because the SPECThead is perfectly symmetric, (or at least I think it is in my macro), so I should expect similar results on either side of 0 cm in the x-direction.<o:p></o:p> <o:p> </o:p> This graph compares the projections from the -4 mm, which is what is expected, to the + 4 mm, which doesn’t make any sense in this context and appears to be an erroneous result of the simulation.<o:p></o:p> <o:p> </o:p> <img width=506 height=497 id="_x0000_i1025" src="cid:image001.gif@01C743D1.EFF7AA80"><o:p></o:p> <o:p> </o:p> I am currently using:<o:p></o:p> Clhep-1.8.1.0<o:p></o:p> Geant4.7.0.p01<o:p></o:p> Root_v4.04.02<o:p></o:p> Gate_v2.2.0<o:p></o:p> CC built on GNU gcc version 3.3.1<o:p></o:p> <o:p> </o:p> This macro is run 100 times on a cluster, so that I can get 2 minute images per projection.  I then move the camera by 0.8 mm and take another image for 2 minutes.<o:p></o:p> <o:p> </o:p> I am attaching my macro below:<o:p></o:p> The only text that I change between each image is <o:p></o:p> /gate/SPECThead/placement/setTranslation  -4. 0. 70. mm {where -4. goes to +4. in increments of 0.8 mm}<o:p></o:p> <o:p> </o:p> Any help that anyone might be able to provide would be really appreciated.<o:p></o:p> <o:p> </o:p> Later Gaters, <o:p></o:p> <o:p> </o:p> Ananth Ravi<o:p></o:p> <o:p> </o:p> <o:p> </o:p> /control/verbose 0<o:p></o:p> # COMMENT  TO DISABLE THIS  V I S U A L I S A T I O N<o:p></o:p> #/vis/open OGLSX<o:p></o:p> #/vis/viewer/reset<o:p></o:p> #/vis/viewer/set/style surface<o:p></o:p> #/vis/drawVolume<o:p></o:p> #/gate/geometry/enableAutoUpdate<o:p></o:p> #/vis/viewer/zoom 2<o:p></o:p> #/vis/viewer/set/viewpointThetaPhi 120 30 <o:p></o:p> <o:p> </o:p> /gate/world/geometry/setXLength 50 cm<o:p></o:p> /gate/world/geometry/setYLength 50 cm<o:p></o:p> /gate/world/geometry/setZLength 50 cm<o:p></o:p> /gate/world/setMaterial Air<o:p></o:p> <o:p> </o:p> ####### Scanner Head<o:p></o:p> /gate/world/daughters/name SPECThead<o:p></o:p> /gate/world/daughters/insert box<o:p></o:p> /gate/SPECThead/geometry/setXLength 4 cm<o:p></o:p> /gate/SPECThead/geometry/setYLength 6 cm<o:p></o:p> /gate/SPECThead/geometry/setZLength 4 cm<o:p></o:p> /gate/SPECThead/placement/setTranslation  -4. 0. 70. mm<o:p></o:p> /gate/SPECThead/setMaterial Air<o:p></o:p> /gate/SPECThead/attachPhantomSD<o:p></o:p> /gate/SPECThead/vis/forceWireframe<o:p></o:p> /gate/world/describe<o:p></o:p> <o:p> </o:p> ###### Collimator<o:p></o:p> /gate/SPECThead/daughters/name collimator<o:p></o:p> /gate/SPECThead/daughters/insert box<o:p></o:p> /gate/collimator/geometry/setXLength 4. cm<o:p></o:p> /gate/collimator/geometry/setYLength 6. cm<o:p></o:p> /gate/collimator/geometry/setZLength 1.6 cm<o:p></o:p> /gate/collimator/placement/setTranslation  0 0.0 -1.2 cm<o:p></o:p> /gate/collimator/setMaterial Brass<o:p></o:p> /gate/collimator/vis/setColor red<o:p></o:p> /gate/collimator/vis/forceSolid <o:p></o:p> /gate/collimator/attachPhantomSD<o:p></o:p> <o:p> </o:p> <o:p> </o:p> ######  HOLE<o:p></o:p> /gate/collimator/daughters/name hole<o:p></o:p> /gate/collimator/daughters/insert box<o:p></o:p> /gate/hole/geometry/setXLength 0.65 mm<o:p></o:p> /gate/hole/geometry/setYLength 0.65 mm<o:p></o:p> /gate/hole/geometry/setZLength 1.6 cm<o:p></o:p> /gate/hole/setMaterial Air<o:p></o:p> /gate/hole/vis/setColor yellow<o:p></o:p> /gate/hole/vis/forceWireframe<o:p></o:p> /gate/hole/repeaters/insert linear<o:p></o:p> /gate/hole/linear/setRepeatNumber 64<o:p></o:p> /gate/hole/linear/setRepeatVector 0. 0.8 0.   mm<o:p></o:p> /gate/hole/linear/autoCenter true<o:p></o:p> <o:p> </o:p> ##### <st1:place w:st="on"><st1:City w:st="on">Crystal</st1:City></st1:place><o:p></o:p> /gate/SPECThead/daughters/name block<o:p></o:p> /gate/SPECThead/daughters/insert box<o:p></o:p> /gate/block/geometry/setXLength 3.3 mm<o:p></o:p> /gate/block/geometry/setYLength 51.2 mm<o:p></o:p> /gate/block/geometry/setZLength 3.0 mm<o:p></o:p> /gate/block/placement/setTranslation  0. 0. -1.35 mm<o:p></o:p> /gate/block/setMaterial Silicon<o:p></o:p> /gate/block/vis/setColor blue<o:p></o:p> /gate/block/vis/forceWireframe <o:p></o:p> <o:p> </o:p> /gate/block/daughters/name crystal<o:p></o:p> /gate/block/daughters/insert box<o:p></o:p> /gate/crystal/placement/setTranslation 0.0 0.0 0.0 mm<o:p></o:p> /gate/crystal/geometry/setXLength 0.7 mm #2.3<o:p></o:p> /gate/crystal/geometry/setYLength 0.7 mm<o:p></o:p> /gate/crystal/geometry/setZLength 3.0 mm<o:p></o:p> /gate/crystal/setMaterial CZT<o:p></o:p> /gate/crystal/repeaters/insert linear<o:p></o:p> /gate/crystal/linear/setRepeatNumber 64<o:p></o:p> /gate/crystal/linear/setRepeatVector 0. 0.8 0 mm<o:p></o:p> /gate/crystal/linear/autoCenter true<o:p></o:p> /gate/crystal/vis/setColor grey<o:p></o:p> <o:p> </o:p> <o:p> </o:p> ########     breast   P H A N T O M <o:p></o:p> /gate/world/daughters/name phantom<o:p></o:p> /gate/world/daughters/insert box<o:p></o:p> /gate/phantom/geometry/setXLength 5 cm<o:p></o:p> /gate/phantom/geometry/setYLength 5 cm<o:p></o:p> /gate/phantom/geometry/setZLength 2 cm<o:p></o:p> /gate/phantom/setMaterial Lucite<o:p></o:p> /gate/phantom/vis/forceWireframe<o:p></o:p> /gate/phantom/placement/setTranslation 0.000000 0.000000 -9.6 mm<o:p></o:p> /gate/phantom/attachPhantomSD<o:p></o:p> <o:p> </o:p> /gate/phantom/daughters/name seed<o:p></o:p> /gate/phantom/daughters/insert cylinder<o:p></o:p> /gate/seed/geometry/setRmax .4  mm<o:p></o:p> /gate/seed/geometry/setRmin 0.0 mm<o:p></o:p> /gate/seed/geometry/setHeight 5. mm<o:p></o:p> /gate/seed/placement/alignToY<o:p></o:p> /gate/seed/placement/setTranslation 0.000000 0.000000 +9.6 mm<o:p></o:p> /gate/seed/setMaterial Titanium<o:p></o:p> /gate/seed/vis/setColor magenta<o:p></o:p> /gate/seed/attachPhantomSD<o:p></o:p> /gate/seed/vis/forceWireframe<o:p></o:p> <o:p> </o:p> /gate/seed/daughters/name marker<o:p></o:p> /gate/seed/daughters/insert cylinder<o:p></o:p> /gate/marker/geometry/setRmax .32  mm<o:p></o:p> /gate/marker/geometry/setRmin 0.0 mm<o:p></o:p> /gate/marker/geometry/setHeight 1.2 mm<o:p></o:p> /gate/marker/placement/setTranslation 0.000000 0.000000 0 mm<o:p></o:p> /gate/marker/setMaterial Tungsten<o:p></o:p> /gate/marker/attachPhantomSD<o:p></o:p> <o:p> </o:p> /gate/seed/daughters/name airgap<o:p></o:p> /gate/seed/daughters/insert cylinder<o:p></o:p> /gate/airgap/geometry/setRmax .32  mm<o:p></o:p> /gate/airgap/geometry/setRmin 0.0 mm<o:p></o:p> /gate/airgap/geometry/setHeight 1.82 mm<o:p></o:p> /gate/airgap/repeaters/insert linear<o:p></o:p> /gate/airgap/linear/setRepeatNumber 2<o:p></o:p> /gate/airgap/linear/setRepeatVector 0. 0. 3.02 mm<o:p></o:p> /gate/airgap/setMaterial Air<o:p></o:p> /gate/airgap/attachPhantomSD<o:p></o:p> <o:p> </o:p> ###### SYSTEM<o:p></o:p> /gate/systems/SPECThead/crystal/attach crystal<o:p></o:p> /gate/crystal/attachCrystalSD<o:p></o:p> <o:p> </o:p> ###### PHYSICS<o:p></o:p> /gate/physics/gamma/selectRayleigh lowenergy<o:p></o:p> /gate/physics/gamma/selectPhotoelectric standard<o:p></o:p> /gate/physics/gamma/selectCompton standard<o:p></o:p> /gate/physics/setElectronCut 1. m<o:p></o:p> /gate/physics/setXRayCut 1. GeV<o:p></o:p> /gate/physics/setDeltaRayCut 1. GeV<o:p></o:p> <o:p> </o:p> ###### INITIALIZE<o:p></o:p> /gate/geometry/enableAutoUpdate<o:p></o:p> /run/initialize<o:p></o:p> <o:p> </o:p> ##### DIGITIZER<o:p></o:p> /gate/digitizer/Singles/insert adder<o:p></o:p> <o:p> </o:p> /gate/source/addSource seed_1<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/setActivity 0.00208800 Ci<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/gps/particle gamma<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/gps/type Volume<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/gps/shape Ellipsoid<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/gps/halfx 0.32 mm<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/gps/halfy 2.42 mm<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/gps/halfz 0.32 mm<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/gps/energytype Mono<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/gps/monoenergy 21  keV<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/gps/confine airgap_P<o:p></o:p> /gate/source/seed_1/gps/centre 0 0 0 cm<o:p></o:p> <o:p> </o:p> ###### OUTPUT<o:p></o:p> #/gate/output/root/disable<o:p></o:p> /gate/output/root/setRootHitFlag 0<o:p></o:p> /gate/output/root/setRootSinglesFlag 0<o:p></o:p> /gate/output/root/setRootNtupleFlag 0<o:p></o:p> /gate/output/root/setRootSinglesAdderFlag 0<o:p></o:p> /gate/output/ascii/setOutFileHitsFlag 0<o:p></o:p> /gate/output/ascii/setOutFileSinglesFlag 1<o:p></o:p> /gate/output/ascii/setOutFileSinglesAdderFlag 0<o:p></o:p> <o:p> </o:p> <o:p> </o:p> ###### RANDOM<o:p></o:p> /gate/output/root/setSaveRndmFlag 1<o:p></o:p> /random/resetEngineFrom endOfRun.rndm<o:p></o:p> <o:p> </o:p> ###### PROJECTION<o:p></o:p> /gate/output/projection/pixelSizeX 0.8 mm<o:p></o:p> /gate/output/projection/pixelSizeY 0.8 mm<o:p></o:p> /gate/output/projection/pixelNumberX 1<o:p></o:p> /gate/output/projection/pixelNumberY 64<o:p></o:p> /gate/output/projection/projectionPlane XY<o:p></o:p> <o:p> </o:p> ###### VERBOSITY<o:p></o:p> /control/verbose 0<o:p></o:p> /grdm/verbose 0<o:p></o:p> /run/verbose 0<o:p></o:p> /event/verbose 0<o:p></o:p> /tracking/verbose 0<o:p></o:p> /gate/application/verbose 0<o:p></o:p> /gate/generator/verbose 0<o:p></o:p> /gate/stacking/verbose 0<o:p></o:p> /gate/event/verbose 0<o:p></o:p> /gate/source/verbose 0<o:p></o:p> /gate/output/projection/verbose 0<o:p></o:p> /gate/output/verbose 0  <o:p></o:p> <o:p> </o:p> <o:p> </o:p> ###### EXPERIMENT<o:p></o:p> /gate/application/setTimeSlice    1.200  s<o:p></o:p> /gate/application/setTimeStart    0.000  s<o:p></o:p> /gate/application/setTimeStop     1.200  s<o:p></o:p> <o:p> </o:p> <o:p> </o:p> ###### LET'S RUN THE SIMULATION!<o:p></o:p> /gate/application/startDAQ<o:p></o:p> <o:p> </o:p> exit<o:p></o:p> <o:p> </o:p> <o:p> </o:p> </div> </body> </html>