<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7638.1">
<TITLE>RE: [Gate-users] Re: Gate-users Digest, Vol 5, Issue 9</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>I do not think &quot;Transportation&quot; process is only for the purpose<BR>
of transporting between different volumes for particles.<BR>
<BR>
Actually, a hit is a step in Geant4. When a particle travels more than<BR>
a interaction range cut (defined as cut threshold) and if there is not<BR>
a interaction (processes as compton, photoelectric etc) happened for this<BR>
particle, then this step (hit) will be labled as &quot;Transportation&quot; process.<BR>
<BR>
More accurate way to look for particles crossing a boundary is to find that<BR>
step associated with prepoint in pre-volume and postpoint in post-volume.<BR>
<BR>
Does GATE hit class have those volume names written out?<BR>
<BR>
Please correct me if I am wrong and misleading.&nbsp;<BR>
<BR>
Yu Chen, Ph.D.<BR>
University of Massachusetts Medical School<BR>
Division of Nuclear Medicine<BR>
55 Lake Avenue North<BR>
Worcester, MA 01655-0243<BR>
Phone:&nbsp; (508) 856-6123<BR>
Fax:&nbsp;&nbsp;&nbsp; (508) 856-4572<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
-----Original Message-----<BR>
From: gate-users-bounces@lists.healthgrid.org on behalf of D.J. van der Laan<BR>
Sent: Fri 10/13/2006 9:15 AM<BR>
To: gate-users@lists.healthgrid.org<BR>
Subject: Re: [Gate-users] Re: Gate-users Digest, Vol 5, Issue 9<BR>
<BR>
You could probably use the hits output of Gate for this. One of the<BR>
columns in this output is the process, and one of the possible processes<BR>
is 'Transportation', which indicates a particle leaving the sensitive<BR>
detector. (I think it is leaving, but you'll have to check to be sure.)<BR>
<BR>
I hope this solves your problem.<BR>
<BR>
Jan<BR>
<BR>
<BR>
PS Below you can find two bash scripts that run a Gate simulation and<BR>
extract the annihilation coordinates from the hits output, without<BR>
creating a huge hits file.&nbsp; Perhaps they are usefull.<BR>
<BR>
======= run.sh ===========<BR>
#!/bin/bash<BR>
rm -f gateHits.dat<BR>
mkfifo gateHits.dat<BR>
./process.sh gateHits.dat &gt; annihilations.dat &amp;<BR>
Gate beamgeometry.mac &gt; screenout<BR>
rm gateHits.dat<BR>
<BR>
======= process.sh ===========<BR>
#!/bin/bash<BR>
cat $1 | grep 'annihil' | gawk '{print $14, $15, $16}'<BR>
<BR>
<BR>
Ben S McDonald wrote:<BR>
&gt; Howdy Gaters,<BR>
&gt;<BR>
&gt; Does anyone know if it is possible to set a flag for a boundary crossing<BR>
&gt; in Gate (e.g. did particles pass through volume without interacting)?<BR>
&gt; I'm trying to quantify pinhole penetration other than by just<BR>
&gt; ray-tracing between the sourcePos and globalPos stored variables.<BR>
&gt;<BR>
&gt; Thanks for any help,<BR>
&gt;<BR>
&gt; Ben McDonald<BR>
&gt; _______________________________________________<BR>
&gt; Gate-users mailing list<BR>
&gt; Gate-users@lists.healthgrid.org<BR>
&gt; <A HREF="http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users">http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users</A><BR>
<BR>
--<BR>
D.J. van der Laan<BR>
Delft University of Technology<BR>
Mekelweg 15, room 2.00.020<BR>
2629 JB Delft<BR>
The Netherlands<BR>
<BR>
E: d.j.vanderlaan@tnw.tudelft.nl<BR>
T: +31 15 2783776<BR>
F: +31 15 2789011<BR>
_______________________________________________<BR>
Gate-users mailing list<BR>
Gate-users@lists.healthgrid.org<BR>
<A HREF="http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users">http://lists.healthgrid.org/mailman/listinfo/gate-users</A><BR>
<BR>
<BR>
</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>